水泳部は横浜学園の中でも歴史ある部活です。過去には県大会で２８連覇の偉業を達成し、関東大会やインターハイにも多くの選手が出場してきました。
毎年５月にプール開きを行い、関東大会出場に向けて日々練習に励んでいます。
また部員のレベルに合わせて練習メニューを作成しているので、初心者でも安心して練習に取り組んでいます。冬場は学校内でのトレーニングに加え、近隣の屋内プールを貸切で利用させていただくなど、年間を通して精力的に活動しています。